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리소좀 lysosome은 많은 진핵세포들이 모든 종류의 고분자들을 소화하기 위해 이용하는 가수분해효소가 들어 있는 막으로 된 소낭이다. 리소좀 효소들은 리소좀 내의 산성 환경에서 가장 잘 작용한다. 리소좀이 망가져서 열리거나 그것의 내용물이 새어나오면, 빠져나온 효소들은 별로 활성을 띠지 못하는데 이를 세포질이 중성 pH를 갖기 때문이다. 그러나 효소들이 많은 수의 리소좀으로부터 과도하게 방출되면 자신을 소화하여 세포를 파괴할 수 있다.
가수분해효소들과 리소좀 막은 조면소포체에서 만들어지고, 골지체로 전달되어 공정과정을 거친다. 최소한 몇몇 리소좀들은 아마다 골지체의 트랜스 면으로부터 출아함으로써 나올 것이다. 리소좀 막의 안쪽 표면 단백질들과 소화효소들 자체는 효소로부터 공격받기 쉬훈 화학결합을 보호하는 3차원적 구조를 가짐으로써 파괴되지 않는 것으로 생각된다.
리소좀들을 다양한 환경에서 세포내 소화를 수애한다. 아메바를 비롯한 다른 여러 원생생물들은 작은 개체들 혹은 다른 음식 조각들을 감싸서 먹는데 이를 식세포작용이라고 한다. 이 방법으로 형성된 식포가 리소좀과 융합하면, 리소좀 효소들이 음식을 소화한다. 단당류, 아미노산들 그리고 다른 단량체들을 포함하는 소화산물들은 세포질 안으로 전달되어 세포를 위한 영양분이 된다. 인간의 특정 세포들도 식작용을 한다. 그들중에는 대식세포가 있는데 이것은 세균들과 다른 침입자들을 잡아먹고 파괴함으로써 몸을 보호하는 백혈구의 한 형태이다.
리소좀들은 또한 가수분해효소를 이용하여 세포 자신의 유기물질들을 소화하여 재활용하는데 이를 자가소화작용이라고 부른다. 자가소화작용 동안 손상된 소기관이나 적은 양의 세포질이 막에 의해 둘러싸이고 리소좀이 이 소낭과 융합한다. 리소좀의 효소들은 내부막으로 둘러싸여진 물질들을 분해하고 유기 단량체들은 재활용을 위해 세포질로 되돌려진다. 리소좀의 도움으로 세포는 끊임없이 자신을 새롭게 한다. 예를 들어, 인간의 간세포는 매주 간에 있는 고분자 물질들의 절반을 재활용한다.